故事舞台是在机动战士高达中的一年战争终结后七年。战争结束后一部份吉恩公国军事势力并未降伏继续在各地与地球联邦军发生军事冲突，因此地球联邦军内部强力主张追杀吉恩残余份子的激进排他势力泰坦斯（Titans）结成。由于泰坦斯对宇宙住民的强硬血腥镇压的手段，反势力奥干A.E.U.G.(台湾翻译为奥干，港译为奥古)结成。故事的开始于宇宙世纪0087年（U.C. 0087），前半主要围绕奥干和泰坦斯两派系的对抗，中段吉恩残余份子上阿克西斯(港译为阿古捷斯)登场，与奥干、泰坦斯角力周周旋，展开激战。
在青铜圣斗士与冥王哈迪斯的殊死决战中，为了大地上的爱和和平，已经去世的十二黄金圣斗士齐齐复活，用他们最后的信念与力量打通了叹息之墙，从而完成了自己作为女神的圣斗士的使命。不过黄金圣斗士的故事并未就此结束，狮子座艾欧里亚等人不知为何来到了北欧，与之邂逅的莉菲雅认为黄金圣斗士的出现是天神奥丁的旨意。此前安德烈亚斯•里瑟篡夺了希路达人间使者的职位，伙同七名神斗士复活世界之树，企图统治全世界。而另一方，黄金圣斗士们则希望尽快回到女神身边，与哈迪斯完成决战。这是一篇失落已久的故事，是另一段不容错过的传奇…… 本片是车田正美经典作品《圣斗士星矢》连载30周年纪念作品。
“听啊，是正义崩坏的声音。” 伪装潜入龙神守望者组织的战斗员D，他是否能成功完成任务？
这里是人、神、魔等种族共同生活的神秘世界，密斯塔尔希亚 过去，黑银之翼的巴哈姆特曾几乎令这个世界毁灭 但人，神，魔三族共同战斗 作出了巨大的牺牲后，终于把它的力量封印了起来 接着，神与魔两方分别保存着封印钥匙的一半 二千年以后，世界始终和平安宁 不知从什么时候起，人类将巴哈姆特当作了独一无二的尊贵存在，畏惧并崇拜它 某一天 一位少女夺走了保护严密的神族的钥匙 世界的均衡渐渐被打破 当巴哈姆特再次发出吼声之时 世界再次落入绝望的深渊 世界啊，毁灭吧！ 某个声音如此肯求着
