这个星球上生活着不可思议的生物神奇宝贝。现在开始讲述少年小智和神奇宝贝们的相遇、冒险和战斗经历的故事。 在结束了在成都地区的旅行后 小智只带上了他最先获得的神奇宝贝——皮卡丘 来到了芳缘地方。但是在到芳缘地方的途中，皮卡丘被火箭队的攻击变得异常奇怪... 在AG中，小智和新加入的女主角——小遥，永远支持着小智的小刚，以及小遥的弟弟小胜，一起在芳缘地方，以及到对战开拓区旅行
全人类为之恐惧——。 没有任何异常的人类突然燃烧，化作操纵火焰的怪物“焰人”，并极尽破坏之能事的“人体自燃现象”。面对火焰的恐怖挺身而出的特殊消防队，肩负解开这一现象的谜团，并拯救人类的使命！由于某种理由而被人叫做“恶魔”的新队员少年·森罗，以“英雄”为目标，和同伴们一起，每天投身于与“焰人”的战斗当中！！
鬼与人共存的世界——每当两人的心灵靠近，名为鬼的存在就分开他们的距离。 等着两人的命运，以及“鬼”是——。 鬼与人，描绘究极之爱的本作，于此出动！
向明神亚贵下跪吧。
时为20XX年——因冤罪而被收监在刑务所的阳菜。在那里等着她的是，美貌的看守·明神亚贵所带来的冷酷且甜美的支配……。“不要以为能从黑翼刑务所……能从本大爷的手里逃走喔？”身体检查中、牢狱中、甚至在与恋人的会面中都……，心灵和身体都被肆意玩弄的阳菜会迎来怎样的命运——！？
与莉可、罗伊以及帕底亚地区的三只最初的宝可梦们一起踏上激动人心的宝可梦世界冒险之旅吧！
在蝴蝶屋结束修业之后，炭治郎等人抵达了下一任务的地方“无限列车”。在那里，短时间内有四十多人失踪。带着祢豆子的炭治郎与善逸、伊之助一行人，与鬼杀队的最强剑士“柱”之一的炎柱炼狱杏寿郎会合了。在通向黑暗的无限列车中，他们将面对潜伏在此的鬼。
