2002年，数码世界面临灭亡的危机！数码世界本是由究极天使兽、基路比兽及神圣天女兽三大天使所管治的，然而其中一位天使——基路比兽却叛变，这使得数码世界的平衡受到破坏，并开始崩溃…… 古代曾经拯救数码暴龙世界的十斗士现在已不存在。就在这危急关头，十斗士的斗士精神把新力量给予了另一个世界——现实世界的孩子…… 主角拓也等人，将进入数码世界，变身成数码暴龙，投入这场冒险与战斗的旅程！
大资本家的千金美津子（平野绫 配音）父母双亡，被叔叔一家收养。在叔叔家的生活令美津子深感压抑绝望，因为她知道，他们一直都觊觎着她所继承的巨额财产，希望她尽早死去，为此甚至不惜使出了投毒的卑鄙手段。某天，一个自称二十面相（内田夕夜 配音）的男子出现在了美津子的面前，他告诉美津子自己是一名侠盗，并且邀请美津子加入他的世界和他一起去冒险，美津子毫不犹豫的答应了。 在新的世界里，美津子结识了各种各样二十面相的伙伴，然而奇怪的事情也开始逐件发生，在解开这些事件真相的同时，美津子发现，许多的疑点都指向了“二十面相的遗产”的谜团。同时，一些不知名的危险也在逐渐接近二十面相。
某所中学，总是被邻座的女生高木同学捉弄的男生西片。他为了对此反击而用尽计策，却总是被高木同学看透。季节轮回，升入2年级的西片，这一次他是否能够顺利反击高木同学呢…？ 「令人心动的微笑」必至，先害羞就输了的“捉弄大战”第2轮比赛终于开幕！
在美国有一座古老的小山丘，山上的教堂里有个叫做保儿之家的孤儿院。里面的两个修女宝妮和雷恩照顾着许多孤儿。在一个大雪的夜晚两个修女听到了婴儿的哭声从外面传来，顺着哭声找去看到了两个在襁褓里的婴儿。她们分别叫甜甜怀特和安妮，转眼10年过去了，小伙伴们渐渐的都被领养走了，甜甜却不愿离开，她和安妮就像亲姐妹一样不愿分开。一次她和安妮外出遇到危险被有钱人布莱顿救下，后来安妮被布莱顿夫妇收养过上了幸福生活。一天甜甜思念安妮在山坡上哭泣，遇到了吹着风笛像童话里王子一样的英俊少年，自从遇到这位心中的白马王子后，甜甜对美好的未来充满了希望。在孤儿院最被宠爱的甜甜，后来来到莱根家给伊莎小姐当玩伴，第一天到莱根家就被伊莎和尼爾兄妹欺负，今后究竟怎样的命运在等带着甜甜呢？
真新镇的少年年满10岁之后，就可以得到训练神奇宝贝的资格。10岁的少年小智（松本梨香 配音）以成为最厉害的神奇宝贝训练大师为目标，即将踏上了修行之旅。小智因为早上赖床迟到，险些失去挑选神奇宝贝的资格，无奈下他领走了一只被挑剩下的神奇宝贝——皮卡丘（大谷育江 配音）。皮卡丘又名电气鼠，虽然长相可爱，但性格含羞内向却又不亲近人类，稍有不满就乱放电电人，暴躁的脾气让小智吃尽了苦头。大木博士把神奇宝贝图和宝贝球作为践行礼物送给了小智。在小智和皮卡丘的前方，神奇宝贝的世界有许多谜题和探险在等着他们，迎接他们的到底是光明还是黑暗，小智能否如愿成为神奇宝贝大师呢？
怪異の専門家・忍野メメの助力も得て、3人の強敵との戦いに勝ち抜いた阿良々木暦。吸血鬼キスショットの四肢を奪い返すことに成功し、再びキスショットの元を訪れるが、そこで暦は吸血鬼の恐るべき本質を知る。暦は取り返しのつかない自分の行為を悔やみ……『魔法少女まどか☆マギカ』の新房昭之総監督と、アニメーション制作会社・シャフトのタッグで、西尾維新の原作小説をアニメ映画化。『I鉄血篇』『II熱血篇』に続き、第3弾となる本作でついに物語は完結する。人間の体に戻るため3人の強敵と戦ってきた主人公・阿良々木暦に待ち受ける残酷な運命とは？ 声の出演は神谷浩史、坂本真綾ら。
