2002年，数码世界面临灭亡的危机！数码世界本是由究极天使兽、基路比兽及神圣天女兽三大天使所管治的，然而其中一位天使——基路比兽却叛变，这使得数码世界的平衡受到破坏，并开始崩溃…… 古代曾经拯救数码暴龙世界的十斗士现在已不存在。就在这危急关头，十斗士的斗士精神把新力量给予了另一个世界——现实世界的孩子…… 主角拓也等人，将进入数码世界，变身成数码暴龙，投入这场冒险与战斗的旅程！
故事发生在圣夜学园之中，日奈森亚梦（伊藤加奈惠 配音）是就读于五年级的女生，外表看来，她沉默寡言特立独行，可实际上，那不过是亚梦害羞的表现罢了，在内心里，她亦希望能够和同学们打成一片，和睦相处。一次偶然之中，亚梦得到了心灵之蛋，从蛋中孵出的守护甜心，即是她理想中的自己。 拥有了守护甜心，亚梦被邀请进入了校园里名为“守护者”的组织之中，亚梦得知，守护者们正在寻找一颗名为守护胚的魔法蛋，只要拥有了这枚魔法蛋，便能实现任何愿望。同样在寻找着守护胚的还有名为EASTER的神秘集团，他们不择手段的依靠腐化他人的心灵来达到自己的目的。
自全人类被神秘现象瞬间石化之后，已过去了几千年—— 千空，一个有着超越常人的头脑，彻头彻尾的科学少年醒来了。 面对着文明已经灭绝的石之世界，千空决心以科学的力量重建地球，他找来了同伴，建立起了“科学王国”。 但是，他们碰上了由灵长类最强高中生狮子王司统领的“武力帝国”。 司为了净化人类，决心以强大的武力，阻止科学的发展。 经过科学与武力的大战，千空等人的科学王国取得优势，两国最终和解。 司因为背叛而陷入了冷冻睡眠状态，而千空为了复活全人类，决心率领科学王国前往石化光线的产生地——地球另一头的新世界。 迈向全世界，解开石化之谜！ 石世界的大航海时代终于拉开了序幕！
魔界の悪魔、通称「邪神ちゃん」は、 ある日突然人間界に召喚されてしまう。 彼女を召喚したのは、神保町のボロアパートで暮らす ちょっとブラックな心を持つ女子大生「花園ゆりね」。 「邪神ちゃん」を召還したものの 彼女？を魔界に帰す方法がわからない。 仕方なく一緒に暮らし始めた邪神ちゃんと「ゆりね」だが、 「邪神ちゃん」曰く、「召喚者が死ねば魔界に帰れる」。 そこで邪神ちゃんがとった行動とは……!?
「鳴海孝之」，是白陵柊学園面临考试的高3学生，但是他和很多同类作品的主角开始时一样，每天平平凡凡（难听一点是颓废）地生活。他的朋友有死档「平慎二」，还有是该校游泳部的主力队员「速瀬水月」。「鳴海孝之」和「速瀬水月」一直是好朋友的关系…… 有一天，「鳴海孝之」与一位短发少女邂逅了，她叫「涼宮遙」。原来她一直对「鳴海孝之」抱有好感，后来在「速瀬水月」的穿针引线下，她告白成功。 他们之间的恋情如夏季的气温急升，但同时，有一个人的内心也因「鳴海孝之」而颤动，她就是「速瀬水月」。 在暑假快结束的一天，当「鳴海孝之」赶去和「涼宮遙」的约会时，在路上遇到当天生日的「速瀬水月」，「鳴海孝之」还买了一只戒指给「速瀬水月」作为生日礼物，但就是这么一留，当「鳴海孝之」赶到约会地点时，他看到的是一个倒在血泊中的短发少女…… 3年后，「鳴海孝之」成为一个侍应，而「速瀬水月」放弃了游泳成为了一位OL，两人过着半同居生活。一天，「鳴海孝之」收到一个电话，告诉了一个消息：3年前因车祸而昏迷的「涼宮遙」醒了，但是她的记忆仍停留在3年前… 一个是曾经热恋过的女孩，一个是现在的同居女友，「鳴海孝之」面临了一个影响3个人命运的交叉点…..他会何去何从呢？
ある日、“魔王因子”を持つ魔王候補・春日アラタが、トリニティセブンの一人・浅見リリスの魔道書『ヘルメス外典』に何の気なしに触れた瞬間、眩い光に包まれ、目の前には謎の少女が姿をあらわす。「リリム」と名付けられ、アラタとリリスを親と慕う少女。だが、少女の出現と同時に、世界に異変が―。目覚める禁忌の“悠久図書館”。そこには、錬金術の究極の産物―人の手によって造られし”白き魔王“が封じられていた。“白き魔王”は、真の魔王へ至るため、アラタとトリニティセブンたちの抹殺を企てる。かつてない強大な力を持つ”白き魔王“を前に、世界の崩壊と、絶体絶命の危機がアラタたちを襲う―。アラタとトリニティセブンたちは、この世界を守れるのか？彼らの最後の戦いが今、始まる——！
