《阿优之兔智来了2》的故事延续《阿优之神奇萝卜》系列，故事讲述的是阿U和他的小伙伴们看守的那颗巨大的超级萝卜有天突然变小了，博士怀疑是巨石阵的土壤含有某种只对大萝卜有作用的特殊物质，而现在这些物质已经受到了破坏，大萝卜得不到营养开始萎缩。博士推测萝卜岛周围的岛屿上一定还有同样的土壤，可以让大萝卜恢复原状。孩子们主动要求承担这个寻找土壤的任务，为了帮助大家，博士送来一只名叫兔智的机器人，它不仅智慧超群，还拥有各种能力，在保护萝卜的过程中发挥了重要作用。但是兔菲依旧不放弃自己的梦想，他带领手下跳跳和甩耳开着飞行器一路跟随阿U他们，发誓要得到超级萝卜。
故事讲述的是一名叫“叶麟”的二十八中男生被同班的女生欺负和反欺负的故事。这些女生中有来自小时候欺负他的青梅竹马、有被视为正义魔人的班长、有胆小害羞患有“被迫害妄想症”的白富美学习委员、有身材健美四肢发达但头脑简单的学习委员、有极度腹黑冷血的文艺委员、还有个同母异父的混血妹妹，在这样一群女孩子的夹攻中，男主角如何能独善其身，不被女孩子欺负呢？
无数细线横亘在星空之中，如同一把巨大的刷子。三体星舰队将于400年后抵达。遥远蝴蝶扇动着翅膀，也改变了罗辑的命运，轰然打开的门后是世界中心——面壁计划开启。同时，智子所创建的破壁室内，破壁人一一就位……
