《阿优之兔智来了2》的故事延续《阿优之神奇萝卜》系列，故事讲述的是阿U和他的小伙伴们看守的那颗巨大的超级萝卜有天突然变小了，博士怀疑是巨石阵的土壤含有某种只对大萝卜有作用的特殊物质，而现在这些物质已经受到了破坏，大萝卜得不到营养开始萎缩。博士推测萝卜岛周围的岛屿上一定还有同样的土壤，可以让大萝卜恢复原状。孩子们主动要求承担这个寻找土壤的任务，为了帮助大家，博士送来一只名叫兔智的机器人，它不仅智慧超群，还拥有各种能力，在保护萝卜的过程中发挥了重要作用。但是兔菲依旧不放弃自己的梦想，他带领手下跳跳和甩耳开着飞行器一路跟随阿U他们，发誓要得到超级萝卜。
本片讲述了一群兔子是怎么从种花家一穷二白的时候，通过自身的努力与奋斗，蹬了鹰酱一脸血，并且养殖出了自己的大蘑菇，发展成为蓝星最强五流氓之一的故事。本片故事纯属虚构，如有雷同，纯属巧合。本片漫画更新频繁，对于喜欢作者拖更的观众可能会稍感不适。
