神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
乡村平凡少年王林，为了心中不屈的信念踏入仙门修行，克服天资不足的困境，逆流而上，积极面对苦难与挑战，不断突破自我，最终将命运始终牢牢地把握在自己手中！
中国某朝代的皇太子一次民间出巡，邂逅了一位民间女子，并生下一个女儿，但却适逢盗贼作乱，皇太子与母女俩失散多年。数年后皇太子已登基为皇帝，与女儿重逢后发觉女儿在民间流落多年，沾染了民间市井之气。皇帝决定将女儿重新教导成一个高贵的格格。但格格早已习惯自由自在的生活，她那顽皮捣蛋的可爱性格却为严肃乏味的皇宫带来了新气象，故事由此而起。
灵武大陆，一个灵力和武魂并存的世界，灵修一念动山河，武者徒手撕天地。星辰镇昔日天才辰天，十岁后武魂沉寂、灵海枯竭，自此沦为家族废物，受尽他人冷眼。在一次生死搏斗中，辰天掉下悬崖，误入上古剑帝布置的大阵，在天书力量的作用下觉醒了灵武双修体质，同时还得到一份陌生的记忆和一枚神秘的储物戒指，从此逆境崛起，破天道掌轮回，终渡帝劫桎梏，问鼎灵武大陆！
被撤职的锦衣卫袁小棠与青梅竹马的方雨亭为寻找父亲失踪的线索潜入鬼街、在朋友石尧山等人的帮助下，一路逛鬼街、破机关、遇各路神秘人物……乱斗与阴谋轮番上演，随着旧事的重提，一切谜团都渐渐有了答案。
