神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
佟湘玉（闫妮 配音）身为同福客栈的掌柜，却有着不一般的身世和不为人知的过去，她眼观六路耳听八方，为人处世圆滑又不失分寸，是一位能够掌控大局的老板娘。白展堂（沙溢 配音）曾经是江湖传说中的盗圣，如今金盆洗手，成为了客栈的跑堂伙计，为人耿直善良的他和佟湘玉渐渐走到了一起。 郭芙蓉（姚晨 配音）平日里大大咧咧，冒冒失失，但有着一颗痴情而正直的心，她满心里想着的，就是和毒舌秀才吕轻侯（喻泰恩 配音）一起双宿双飞，过上日出而作日落而息的幸福生活。小小的同福客栈之中藏龙卧虎，众人在打打闹闹之中撞破了一个惊人的阴谋，在武林之中掀起轩然大波。
医道天才杨云帆在山上苦修多年后，下山寻找白富美未婚妻，却被视作乡巴佬打发了。令人想不到的是杨云帆看似普普通通，却身怀绝技，任何疑难杂症到他面前都手到病除，各种奇遇和危险迎刃而解。众人对他刮目相看，未婚妻以及各路美女投怀送抱，而他秉持着侠义当先的精神，救死扶伤，最终成为一代神医！
一不小心穿成灵狐皇族？看本狐如何修炼美男两手抓！
讲述了主角一觉醒来，世界大变。熟悉的高中传授的是魔法，告诉大家要成为一名出色的魔法师。崇尚科学的世界变成了崇尚魔法，偏偏有着一样以学渣看待自己的老师，一样目光异样的同学，一样社会底层挣扎的爸爸，一样纯美却不能走路的非血缘妹妹……
