神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
时间倒退回星猫一行人去机械国之前，他们已经找到了白羊座星球战士卷毛，搭火车前往机械国，又找到水瓶座星球战士怪卡。黑魔王不甘示弱，使出分身，大肆破坏天神星，星猫一行人也遭到重创。在关键时刻，仙女姐姐于关键时刻出现，但魔杖却失灵了。
虽然因车祸失去右手和右腿，但是北鸣并没有对生活失去信念，在路遇小混混为爱出头之后，北鸣身受重伤，在医院醒来的他，却突然发现身边出现了一只凶残且热爱装的狗妖。北鸣不光站了起来，还拥有了强大的力量，就在北鸣得意的时候，一场巨大的危机也正在慢慢的向他逼近。
