神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
在浩瀚的宇宙中，有一个人类、机器人、外星人共同生活的地方，叫“星星球”。某天，灰心星球的宇宙开发公司派出了两大王牌战士“大大怪将军”和“小小怪下士”并携带着拥有强大力量、赋予机器生命和智慧的终级武器——五色神奇宝石，想强行占领“星星球”，可是，当他们冲进大气层时发生了意外，除了黑色宝石外，红色、粉红色、绿色、蓝色宝石都散落到星星球。在星星球上有一位天才的机械师——宅博士，在维修垃圾电器时，四台旧机车刚好遇上了四颗宝石，在无意中激活了它们；从此，开心超人、甜心超人、花心超人和粗心超人诞生了。他们在宅博士的带领下，一次又一次地挫败了侵略者的阴谋，保护了“星星球”。
本美术片人物造型借鉴了京剧脸谱艺术，是“中国动画学派”的开山之作。 将军以一敌百大胜归来，庆功宴上，众属下纷纷献上恭维之词，将军听得心花怒放大秀武艺，博来一片叫好声。自此，将军认为天下已经太平，无需再每日练功，他和属下的生活变作吃喝玩乐，大英雄将军在百姓心中渐渐变作大草包，可是他很不以为然，照旧每日饮酒行乐，拍马屁的声音自然也仍不绝于耳。好景不长，在将军大寿之日，敌人突然出兵进攻，众属下忙作鸟兽散，将军临阵磨枪，发现自己早已成了废物。
猪猪侠在一次怪兽侵袭事件中，阴差阳错激活了迷糊老师祖传的五灵锁，将五灵王转换成了能量，使自己获得了变身成铁拳虎、神木猿、冰封鹿、火焰鹤与石甲熊的超凡能力。
竟然不慎穿书，还穿到了满头死亡flag的恶毒女二？ 不行，这个死亡flag，我一定要逃！ 什么！偏离人设，系统强制操纵执行！ 宁依仰天长啸天道不公，只能躺平，却发现触碰某人竟然能破除系统强制操纵！那个某人还是个大反派！ 可喜可贺，为苟命，管你正派反派，这大腿我抱定了！ 系统：警告警告！你已严重偏离人设！ 宁依：闪开！姐要开始逆袭了，这炮灰谁爱当谁当！
